1 - O RNA transcrito de uma região do DNA do fago T4 contém uma sequência 5'-AAAUGAGGA-3'. Esta sequência codifica três peptídeos diferentes. Quais são eles?

2 - Suponha que voce queira marcar com radioatividade o DNA mas não o RNA em bactérias que estão crescendo e se dividindo. Que molécula radioativa você adicionaria ao meio de cultura?

3 - Suponha que você queira preparar um DNA no qual os átomos de fósforo do arcabouço sejam uniformemente marcados com ³²P. Que precursores devem ser adicionados a uma solução contendo DNA polimerase I e um DNA molde com primer? Especifique a posição dos átomos radioativos nestes precursores.

4 - Uma solução contém DNA polimerase I e os sais de Mg²⁺ de dATP, dGTP, dCTP e dTTP. As seguintes moléculas de DNA são adicionadas a alíquotas desta solução:

1. Um círculo fechado unifilamentar contendo 1000 nucleotídeos
2. Um círculo bifilamentar fechado contendo 1000 pares de nucleotídeos
3. Um círculo unifilamentar fechado de 1000 nucleotídeos com pareamento de bases a um filamento de 500 nucleotídeos com um terminal 3'OH livre
4. Uma molécula linear bifilamentar de 1000 pares de nucleotídeos com uma 3'OH livre em cada ponta

5 - A desaminação espontânea de bases citosina no DNA ocorre em frequência baixa mas mensurável. A citosina é transformada em uracila pela perda de sua amina. Após esta conversão, que apr de bases ocupa esta posição em cada um dos filamentos filhos resultantes de uma rodada de replicação?

E depois de duas rodadas de replicação?

6 - Moléculas sintéticas de RNA de sequência definida foram utilizadas para decifrar o código genético. Sua síntese necessitava primeiro da síntese de moléculas de DNA para servir como molde. Korana sintetizou, por métodos de química orgânica dois desoxirribonucleotídeos complementares, cada um com nove unidades: d(TAC)₃ e d(GTA)₃. Duplas parcialmente superpostas que se formaram ao misturar estes oligonucleotídeos serviram então como moldes para a síntese pela DNA polimerase, de longas cadeias repetidas de dupla-hélice de DNA. A etapa seguinte era obter longas cadeias polirribonucleotídicas com uma sequência complementar a apenas um dos dois filamentos de DNA. Como ele obteve apenas poli(UAC)? E apenas poli(GUA)?

7 - A proteína sigma por sí não se liga aos promotores. Preveja o efeito de uma mutação que possibilite que sigma se ligue a região -10 na ausência de outras subunidades da RNA polimerase.

8 - Qual seria o efeito provável de uma mutação que impedisse que sigma se dissociasse do cerne da RNA polimerase?

9 - Considerando-se os eventos que ocorrem para a produção de um mRNA maduro em eucariotos, que eventos explicam a complexidade maior do proteoma que do genoma?

10 - Foram isolados núcleos de cérebro, fígado e músculo. Os núcleos foram então incubados com alpha-32P-UTP na presença de um inibidor de início de transcrição em condições que permitiam a síntese de RNA. O RNA produzido foi isolado e hibridizado contra chips de DNA. Os níveis de RNA hibridizado foram quantificados e notou-se que os sinais de hibridização para vários genes variavam de acordo com o tecido analisado.

a) Por que a intensidade de hibridização difere entre os genes?

b) Para alguns genes os níveis de hibridização eram similares nos três tecidos. Qual a suposta natureza destes genes?

c) Sugira um motivo pelo qual um inibidor de início foi incluído na mistura de reação.