Título: Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a plataforma SUCEST-FUN
\nEnviar Currículo e Histórico Escolar Atualizados da Graduação e Pós-Graduação até 16/08 para: glmsouza@iq.usp.br , milton.nishiyama@butantan.gov.br
\nA Bolsa TT-4 se destina a graduado(a), especialista em TI com pelo menos dois anos de experiência após a graduação ou título de mestrado na área de TI ou Bioinformática, sem vínculo empregatício, com dedicação integral de 40 horas semanais às atividades de apoio ao projeto de pesquisa (bolsa no valor mensal de R$ 3.104,80 por um período de 12 meses, renovável por mais 12 meses).
\nResumo do Projeto da Bolsa
\nO laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP realiza estudos de Biologia de Sistemas com a cana-de-açúcar e para isso produz e analisa dados de sequenciamento do genoma, transcriptoma e metaboloma dessa gramínea. O SucestFunDB é uma plataforma integrativa e colaborativa que utiliza ferramentas in house e open source e temos interesse no desenvolvimento de novas ferramentas para a análise e integração dos dados ômicos a partir de métodos estatísticos e de aprendizado de máquina obtidos ao longo do projeto e que estão armazenados no banco de dados (SUCESTFunDB - http://sucest-fun.org/wsapp).
\nO Projeto tem como objetivo principal a evolução do banco de dados do Sucest-FunDB e o desenvolvimento de novas metodologias e aplicações baseadas em métodos estatísticos e de aprendizado de máquina para integração de dados de larga escala de Transcriptoma e Metaboloma, com bancos de dados de ontologia de genes, vias de sinalização entre outros para inferência de novas relações e insights biológicos.
\nRequisitos mínimos:
\n| TEMA | \nGRUPO | \n
| Aminoácidos, Proteínas e Enzimas | \nI | \n
| Estrutura de carboidratos e lipídios. Glicólise. | \nII | \n
| Ciclo de Krebs. Cadeia de Transporte de Elétrons e Fosforilação oxidativa. | \nIII | \n
| Conversão de sacarídeos, Via das pentoses e Degradação de glicogênio, Biossíntese de carboidratos, Regulação do metabolismo de carboidratos | \nIV | \n
| Metabolismo de ácidos graxos | \nV | \n
| Metabolismo de aminoácidos | \nVI | \n
| Integração de metabolismo. Hormônios. | \nVII | \n
É necessário fazer o Cadastro para acesso.
\nAlguns softwares de exercícios recomendados:
\nPara executar os exercícios em Flash (formato SWF), faça o download do Adobe Content Debugger para Windows clicando aqui (ou para Mac clique aqui). A seguir, copie o link do exercício desejado abaixo, abra o debugger, selecione \"Arquivo > Abrir\" e cole o link.
\n1. Responda utilizando apenas o mapa da glicólise.
\nA. Quais os passos irreversíveis que aparecem no mapa?
\nB. Quantas moléculas de piruvato se formam a partir de uma molécula de glicose?
\nC. Que hexose dá origem a trioses?
\nD. Indicar as reações de óxido-redução que aparecem no mapa.
\nF. Identificar no mapa as reações catalisadas pelas seguintes enzimas:
\na) quinase b) mutase c) isomerase d) aldolase e) desidrogenase
\nRepresentar o grupo ativo de NAD+ e do FAD nas formas reduzida e oxidada.
\n2. Considerando o número de moléculas de ATP consumidas e formadas, estabelecer o saldo final de ATP (balanço energético) na oxidação de uma molécula de glicose pela via glicolítica.
\n3. Esquematizar as reações de fermentação alcoólica que possibilitam a obtenção de NAD+ na forma oxidada. Citar exemplos de tecidos ou organismos onde ocorrem fermentação lática e alcoólica. Em que condições o músculo oxida glicose a lactato?
\n4. Escrever a reação de formação de acetil-CoA a partir de piruvato e indicar:
\na) as 5 coenzimas necessárias
\nb) as vitaminas envolvidas
\n(revisar a função das vitaminas, relacionando sua função com atividade enzimática).
\n1. Na oxidação de uma molécula de acetil-CoA no ciclo de Krebs, indicar a enzima que catalisa a reação onde há produção ou consumo de:
\na) CO2 - b) GTP - c) NADH - d) FADH2 - e) H2O
\n2. Indicar o combustível do Ciclo de Krebs e a quantidade total (em número de ATPs) de energia produzida para cada molécula de combustível.
\n3. Indicar o composto rico em energia do ciclo de Krebs e a reação que o produz.
\n4. Citar as vitaminas que participam do ciclo de Krebs.
\n5. Indicar a localização do ciclo de Krebs.
\n6. Na reação catalisada pela aconitase indicar o composto predominante no Equilíbrio.
\n7. Esquematizar a reação catalisada pela piruvato carboxilase e citar o seu efetuador alostérico.
\n8. Citar as funções do ciclo de Krebs.
\n1. Citar os compostos que fazem parte da cadeia de transporte de elétrons.
\n2. Esquematizar a seqüência dos compostos da cadeia de transporte de elétrons, indicando os transportadores de elétrons e os transportadores de prótons e elétrons.
\n3. Os compostos seguintes, localizados na membrana interna da mitocôndria, fazem parte de uma cadeia que transfere elétrons do NADH (E0’ = -0,315 V) para o oxigênio molecular, O2 (E0’ = +0,815 V):
\nCoenzima Q (E0’ = +0,04 V)
\nCitocromo a-a3 (E0’ = +0,55 V)
\nCitocromo b (E0’ = +0,06 V)
\nCitocromo c (E0’ = +0,235 V)
\nCitocromo c1 (E0’ = +0,215 V)
\nOs potenciais de óxido-redução destes compostos dão alguma indicação sobre a sequência que eles se encontram na cadeia de transporte de elétrons?
\n4. Citar a localização celular da cadeia de transporte de elétrons.
\n5. Citar 3 inibidores da cadeia de transporte de elétrons, indicando os transportadores sobre os quais atuam.
\n1. Definir fosforilação oxidativa. O que está sendo fosforilado? O que está sendo oxidado?
\n2. Descrever a hipótese do acoplamento quimiosmótico para a fosforilação oxidativa.
\n3. Indicar o número de ATP sintetizados para cada NADH e FADH2 oxidados.
\n4. Citar exemplos de processos biológicos que utilizam ATP.
\n5. Descrever a estrutura da ATP sintase (ou F1F0-ATPase). Descrever a função de cada uma das partes. Onde ela está localizada na mitocôndria?
\n6. Sobre os desacopladores da Cadeia Respiratória.
\na. Definir desacoplador e citar um exemplo.
\nb. Por que desacopladores podem ser utilizados como remédios para promover emagrecimento?
\nc. Por que a ação do desacoplador leva ao aumento da velocidade da Cadeia Respiratória?
\nd. Bebês, animais que hibernam e até mesmo algumas plantas se beneficiam de proteínas desacopladoras em determinadas fases da vida. Qual é a base bioquímica para esse fenômeno?
\n7. Definir inibidor de fosforilação oxidativa e citar um exemplo.
\n8. A membrana interna da mitocôndria é impermeável a ATP e NADH. Explicar:
\na. como o NADH produzido na via glicolítica pode ser oxidado na cadeia respiratória (lançadeiras do malato e de glicerol fosfato).
\nb. como o ATP produzido na mitocôndria pode ser utilizado no citoplasma.
\n1. Considerando o número de moléculas de ATP consumidas e formadas, estabelecer o saldo final de ATP (balanço energético) na oxidação de uma molécula de lactose pela via glicolítica.
\n2. Esquematizar as duas reações de oxidação da via das pentoses, citando as enzimas e as coenzimas envolvidas nestas reações.
\n3. Definir transaldolase e transcetolase, mostrando a coenzima envolvida. Citar exemplos de reações catalisadas por cada tipo de enzima.
\n4. Citar a localização celular da via das pentoses.
\n5. Mostrar a importância biológica da via das pentoses e citar compostos que apresentam ribose na sua molécula.
\n6. Citar tecidos em que ocorre a via das pentoses.
\n7. Desenhar as estruturas químicas de NADH e NADPH.
\n8. Discutir os diferentes papeis de NADH e NADPH.
\n9. Sugerir a razão pela qual a via das pentoses é muito mais ativa nos adipócitos (onde há alta síntese de ácidos graxos) do que no tecido muscular.
\n10. Definir gliconeogênese e citar exemplos de compostos gliconeogênicos. Citar o tecido responsável pela gliconeogênese.
\n11. Comparar as três reações irreversíveis da glicólise com as reações de gliconeogênese que as substituem, quanto a reagentes, produtos, enzimas e coenzimas.
\n12. Indicar a localização celular das enzimas da via glicolítica e da gliconeogênese.
\n13. Indicar o balanço energético da gliconeogênese se o composto inicial for:
\na. piruvato, b. lactato, c. galactose e d. frutose
\n1. Definir polissacarídio. Citar exemplos de polissacarídios estruturais e de reserva.
\n2. Descrever a estrutura do glicogênio.
\n3. Esquematizar as reações de degradação do glicogênio a glicose 1-fosfato.
\n4. Esquematizar as reações de síntese de glicogênio a partir de glicose.
\n5. Citar a função do glicogênio hepático e do glicogênio muscular.
\n1. Mostrar a relação entre AMP cíclico e a síntese de glicogênio.
\n2. Citar os hormônios que estimulam a degradação do glicogênio no fígado e no músculo e mostrar seu modo de ação.
\n3. Esquematizar as reações catalisadas por adenilato ciclase e fosfodiesterase.
\n4. Mostrar a relação do AMP cíclico com a degradação do glicogênio a glicose 1-fosfato.
\n5. Esquematizar as reações de conversão de glicose 1-fosfato a glicose. Citar o tecido onde essas reações ocorrem.
\n6. Descrever o efeito do glucagon sobre a atividade da fosfofrutoquinase 2 e mostrar a consequência deste efeito sobre a atividade da via glicolítica.
\n7. Fazer um resumo dos efeitos do glucagon, adrenalina e insulina no metabolismo de carboidratos no fígado, musculo e adiposo.
\n8. Descrever as alterações do metabolismo de carboidratos provocadas por jejum prolongado e por diabetes.
", "author": { "name": "Everus.com.br" }, "tags": [ ], "date_published": "2020-05-07T11:37:35-03:00", "date_modified": "2024-02-06T15:22:21-03:00" }, { "id": "http://glauciasouza.com/qbq0102-roteiro.html", "url": "http://glauciasouza.com/qbq0102-roteiro.html", "title": "QBQ0102 - Roteiro", "summary": "UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO INSTITUTO DE QUÍMICA DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA BIOQUÍMICA E…", "content_html": "Apresentar conceitos básicos sobre propriedades e estruturas das biomoléculas, das vias metabólicas e sua integração e do fluxo de informação do DNA para proteínas.
\nEstrutura de biomoléculas: Aminoácidos, Peptídeos, Proteínas, Lipídeos e Carboidratos. Propriedades de Enzimas. Vias metabólicas e sua integração. Estrutura e propriedade do DNA e RNA.
\nEstrutura de Biomoléculas: Conceito de pH. Sistemas \"tampão\". Sistemas \"tampão\" fisiológicos. Noções básicas de estrutura de carboidratos. Noções básicas de estrutura e função de lipídeos e membranas biológicas. Estrutura e propriedades de aminoácidos, peptídeos e proteínas. Funções de proteínas. Propriedades de enzimas.
\nMetabolismo: Modelo geral do metabolismo celular. Vias metabólicas: glicólise, ciclo de Krebs, cadeia de transporte de elétrons, fosforilação oxidativa, oxidação de ácidos graxos, gliconeogênese, via das pentoses, síntese e degradação de glicogênio, biosíntese de ácidos graxos, noções gerais sobre metabolismo de aminoácidos e ciclo da uréia.Ação de hormônios (insulina, glucagon e adrenalina) nas vias metabólicas. Integração de vias metabólicas.
\nBiologia Molecular: Estrutura de DNA e RNA.Replicação de DNA. Transcrição de DNA. Síntese de proteínas.
\nAulas expositivas e de resolução de exercícios.
\nQuatro provas serão realizadas. Uma prova substitutiva será aplicada para alunos que tenham sido impossibilitados de fazer uma das provas por motivo de doença e incluirá toda a matéria do curso. Um atestado médico deverá ser entregue neste caso.
A nota final será calculada de acordo com NF = (A1 x 1) + (A2 x 1) + (A3 x 1) + (A4 x 1)/4
onde A = média das avaliações e exercícios, com peso 8 e 2 respectivamente.
Será considerado aprovado o aluno com nota superior ou igual a 5.0.
Nota da 2ª Avaliação = Nota da 1ª Avaliação + 2 x (Nota da prova de recuperação) dividido por 3.
\n\n
| Aula 1 | \nIntrodução à Bioquímica. | \n
| Aula 2 | \nAminoácidos. Sistema Tampão. | \n
| Aula 3 | \nEstrutura e Função de Proteínas. | \n
| Aula 4 | \nEnzimas. | \n
| Aula 5 | \nEstrutura de carboidratos, lipídeos e membranas. | \n
| Aula 6 | \nAvaliação 1. | \n
| Aula 7 | \nGlicólise e formação do Acetil-CoA. Exercicios I. Em grupo. | \n
| Aula 8 | \nCiclo de Krebs. Exercicios II. Em grupo. | \n
| Aula 9 | \nCadeia de Transporte de e-. Exercicios III. Em grupo. | \n
| Aula 10 | \nFosforilação oxidativa. Exercicios IV. Em grupo. | \n
| Aula 11 | \nConversão de Sacarídeos. Via das Pentoses. Gliconeogênese. Exercicios V. Em grupo. | \n
| Aula 12 | \nDegradação de glicogênio. Síntese de glicogênio. Exercicios VI. Em grupo. | \n
| Aula 13 | \nRegulação do metabolismo de carboidratos. Exercicios VII. Em grupo. | \n
| Aula 14 | \nExercicios individuais. | \n
| Aula 15 | \nAula de revisão. Tira dúvidas. | \n
| Aula 16 | \nAvaliação 2. | \n
| Aula 17 | \nDegradação de ácidos graxos. | \n
| Aula 18 | \nSíntese de ácidos graxos. | \n
| Aula 19 | \nDegradação de aminoácidos. | \n
| Aula 20 | \nSíntese de aminoácidos. | \n
| Aula 21 | \nEstratégias de regulação. Regulação das vias metabólicas principais. | \n
| Aula 22 | \nRegulação integrada do metabolismo. | \n
| Aula 23 | \nAdaptações metabólicas ao exercício. | \n
| Aula 24 | \nContração muscular. | \n
| Aula 25 | \nLaboratório 1. | \n
| Aula 26 | \nLaboratório 2. | \n
| Aula 27 | \nAula de revisão. Tira dúvidas. | \n
| Aula 28 | \nFundamentos das moléculas DNA/RNA. Replicação. | \n
| Aula 29 | \nTranscrição e Processamento de RNA. Código Genético e Síntese proteica. | \n
| Aula 30 | \nAvaliação 3. | \n
| Aula 31 | \nSUB | \n
| Aula 32 | \nREC | \n
The SUCEST-FUN database integrates the SUCEST sequences, promoters, CREs, expression data, agronomical, physiological and biochemical characterization of sugarcane cultivars.
\nDiniz, Augusto L. ; Ferreira, Sávio S. ; Ten-Caten, Felipe ; Margarido, Gabriel R.A. ; Dos Santos, João M. ; Barbosa, Geraldo V. De S. ; Carneiro, Monalisa S. ; Souza, Glaucia M. . Genomic resources for energy cane breeding in the post genomics era. Computational And Structural Biotechnology Journal, v. 17, p. 1404-1414, 2019.
\nNishiyama-Jr, M.Y., Vicente F.F.R., Lembke, C.G., Sato, T. M., Dal-Bianco, M.L., Fandiño, R.A., Hotta, C.T. and Souza, G.M. The SUCEST-FUN Regulatory Network Database: Designing and Energy Grass. (2010). Proc. Int. Soc. Sugarcane Technol. 27.
\nGray, J., Bevan, M., Brutnell, T., Buell, R., Cone, K., Hake, S., Jackson, D., Kellogg, E., Lawrence, C., McCouch, S., Mockler, T., Moose, S., Paterson, A., Peterson, T., Rokshar, D., Souza, G. M., Springer, N., Stein, N., Timmermans, M., Wang, G.-L., Grotewold, E. (2009). Naming Transcription Factors. Plant Physiol. 149, 4-6.
\nYilmaz, A., Nishiyama-Jr, M. Y., Garcia-Fuentes, B., Souza, G. M., Janies, D., Gray, J. and Grotewold, E. (2008). GRASSIUS: A Platform for Comparative Regulatory Genomics Across the Grasses. Plant Physiol. 149, 171–180.
\nVisit sucest-fun.org
", "image": "http://glauciasouza.com/media/posts/10/gs.jpg", "author": { "name": "Everus.com.br" }, "tags": [ ], "date_published": "2020-05-05T09:40:44-03:00", "date_modified": "2020-06-10T07:30:03-03:00" }, { "id": "http://glauciasouza.com/bioen-fapesp-bioenergy-program.html", "url": "http://glauciasouza.com/bioen-fapesp-bioenergy-program.html", "title": "BIOEN FAPESP Bioenergy Program", "summary": "The BIOEN Program aims to integrate comprehensive research on sugarcane and other…", "content_html": "Research includes from biomass production and processing to biofuel production and its impacts.
\nVisit bioenfapesp.org
", "image": "http://glauciasouza.com/media/posts/9/logo-bioen-novo-1360-851.jpg", "author": { "name": "Everus.com.br" }, "tags": [ ], "date_published": "2020-05-05T09:17:19-03:00", "date_modified": "2021-07-19T15:16:21-03:00" }, { "id": "http://glauciasouza.com/bioenergy-and-sustainability-bridging-the-gaps.html", "url": "http://glauciasouza.com/bioenergy-and-sustainability-bridging-the-gaps.html", "title": "Bioenergy & Sustainability", "summary": "This project is a collective effort with contributions from 137 researchers of…", "content_html": "![\"\"](\"http://glauciasouza.com/media/posts/7/bioenergy-sustainability.jpg\")
One of the project’s outcome is a synthesis of knowledge volume. This is an Ebook with over 700 pages derived from an assessment that included a meeting held at UNESCO, Paris, in December 2013. Experts discussed bioenergy sustainability across its whole lifeline including land use, feedstocks, conversion technologies and the social, environmental and economic impacts of bioenergy expansion in the world.
Background chapters were commissioned to provide context, raise issues, and report on status and technological developments for bioenergy expansion. The cross-cutting chapters represent a selection of topics authors considered the most relevant to enlighten decision-making based on current scientific knowledge on bioenergy. They consider how bioenergy expansion and its impacts perform in the energy security, food security, environmental and climate security, sustainable development and innovation nexus. And most importantly authors highlighted important gaps of knowledge and suggested the science needed to fill them.
\nDownload open access: bioenfapesp.org/scopebioenergy
\nSouza, GM; Souza, GM Netto, P. E. A. Verdade, L. M. Ballester, Maria Victoria R. Cantarella, H. Johnson, Francis X. Ciannella, R. Beckers, T. Bonomi, A. Boroto, R. Cruz, C. H. B. Buckeridge, Marcos S. Chum, Helena Cortez, L. A. B. Maia, R. Diaz-Chavez, Rocio Goldemberg, José Hilbert, Jorge A. Nogueira, L. A. H. Kafarov, V. Kircher, M. Klink, C. Leal, M. R. L. V. Lynd, L. R. Filho, Rubens Maciel , Et Al. ; Sustainable Bioenergy: Latin America And Africa. Policy Brief, V. 1, P. 1-8, 2018.
Souza, G. M., Victoria, R. L., Verdade, L. M., Joly, C. A., Artaxo Netto, P. A., Brito Cruz, C. H., Cantarella, H., Chum, H. L., Cortez, L. A. B., Diaz-Chavez, R., Fernandes, E., Fincher, G. B., Foust, T., Goldemberg, J., Horta Nogueira, L. A., Huntley, B. J., Johnson, F. X., Kaffka, S., Karp, A., Leal, M. R. L. V., Long, S. P., Lynd, L. R., Macedo, I. C., Maciel Filho, R., Nassar, A. M., Nigro, F. E. B., Osseweijer, P., Richard, T. L., Saddler, J. N., Samseth, J., Seebaluck, V., Somerville, C. R., van der Wielen, L., Van Sluys, M.-A. Woods, J., Youngs, H. (2015). Bioenergia e Sustentabilidade. Resumo para Políticas Públicas. SCOPE p. 6 ISSN ISSN 2413-4457.
Glaucia Mendes Souza, Reynaldo L. Victoria, Luciano M. Verdade, Carlos A. Joly, Paulo Eduardo Artaxo Netto, Carlos Henrique de Brito Cruz, Heitor Cantarella, Helena L. Chum, Luis Augusto Barbosa Cortez, Rocio Diaz-Chavez, Erick Fernandes, Geoffrey B. Fincher, Tom Foust, José Goldemberg, Luiz Augusto Horta Nogueira, Brian J. Huntley, Francis X. Johnson, Stephen Kaffka, Angela Karp, Manoel Regis L. V. Leal, Stephen P. Long, Lee R. Lynd, Isaias de Carvalho Macedo, Rubens Maciel Filho, André M. Nassar, Francisco E. B. Nigro, Patricia Osseweijer, Tom L. Richard, Jack N. Saddler, Jon Samseth, Vikram Seebaluck, Chris R. Somerville, Luuk van der Wielen, Marie-Anne Van Sluys, Jeremy Woods, Heather Youngs. Bioenergy & Sustainability. Policy Brief. SCOPE, v. 1, p. 6, 2015. ISSN 2411-6149
Cruz, C. H. B. ; Souza, G. M. ; Cantarella, H. ; Van Sluys, Marie-Anne ; Filho, Rubens Maciel. Proalcool 40 anos. Universidades e empresas: 40 anos de ciência e tecnologia para o etanol brasileiro. 1. ed. Blucher, 2016. 223p.
Souza, G. M., Victoria, R., Joly, C. Verdade, L. (Editors). (2015). Bioenergy & Sustainability: Bridging the gaps. SCOPE. Vol.72, p.779. Paris. ISBN 978-2-9545557-0-6
Nogueira, Luiz Augusto Horta ; Souza, Gláucia Mendes ; Cortez, Luís Augusto Barbosa ; Brito Cruz, Carlos Henrique de . Biofuels for Transport. Future Energy. 3ed.: Elsevier, 2020, v. , p. 173-197.
Glaucia Mendes Souza, Reynaldo L. Victoria, Luciano M. Verdade, Carlos A. Joly, Paulo Eduardo Artaxo Netto, Carlos Henrique de Brito Cruz, Heitor Cantarella, Helena L. Chum, Luis Augusto Barbosa Cortez, Rocio Diaz-Chavez, Erick Fernandes, Geoffrey B. Fincher, José Goldemberg, Luiz Augusto Horta Nogueira, Brian J. Huntley, Francis X. Johnson, Stephen Kaffka, Angela Karp, Manoel Regis L. V. Leal, Stephen P. Long, Lee R. Lynd, Isaias de Carvalho Macedo, Rubens Maciel Filho, André M. Nassar, Francisco E. B. Nigro, Patricia Osseweijer, Tom L. Richards, Jack N. Saddler, Jon Samseth, Vikram Seebaluck, Chris R. Somerville, Luuk van der Wielen, Marie-Anne Van Sluys, Jeremy Woods, and Heather Youngs (2015). SCOPE Bioenergy & Sustainability. Technical Summary. In Bioenergy & Sustainability: bridging the gaps. Eds. Souza, G. M., Victoria, R., Joly, C. Verdade, L. SCOPE vol. 72. pp 8-26. Paris. France. ISBN 978-2-9545557-0-6
Glaucia Mendes Souza, Reynaldo L. Victoria, Luciano M. Verdade, Carlos A. Joly, Paulo Eduardo Artaxo Netto, Heitor Cantarella, Helena L. Chum, Rocio Diaz-Chavez, Erick Fernandes, Geoff Fincher, José Goldemberg, Luiz Augusto Horta Nogueira, Brian J. Huntley, Francis X. Johnson, Angela Karp, Manoel Regis L. V. Leal, Lee R. Lynd, Isaias de Carvalho Macedo, Rubens Maciel Filho, Mariana P. Massafera, André M. Nassar, Francisco E. B. Nigro, Patricia Osseweijer, Tom L. Richard, Jack N. Saddler, Jon Samseth, Vikram Seebalucks, Chris R. Somerville, Luuk van der Wielen, Marie-Anne Van Sluys, Jeremy Woods, and Heather Youngs (2015). Bioenergy Numbers. In Bioenergy & Sustainability: bridging the gaps. Eds. Souza, G. M., Victoria, R., Joly, C. Verdade, L. SCOPE vol. 72. pp 22-57. Paris. France. ISBN 978-2-9545557-0-6
Glaucia Mendes Souza, Luciano M. Verdade, Carlos Henrique de Brito Cruz, Stephen Kaffka, Patricia Osseweijer, Chris R. Somerville, and Heather Youngs (2015). The much needed science: filling the gaps for the sustainable bioenergy expansion. In Bioenergy & Sustainability: bridging the gaps. Eds. Souza, G. M., Victoria, R., Joly, C. Verdade, L. SCOPE vol. 72. pp 218-227. Paris. France. ISBN 978-2-9545557-0-6
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\nCantarella, H., Leal Silva, J. F., Nogueira, L. A. H., Maciel Filho, R., Rossetto, R., Ekbom, T., Souza, G. M., & MuellerLanger, F. (2023). Biofuel technologies: Lessons learned and pathways to decarbonization. GCB Bioenergy, 00, 1–14. doi.org/10.1111/gcbb.13091
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Goldemberg, José ; Souza, Glaucia Mendes ; Maciel-Filho, Rubens ; Cantarella, Heitor . Scaling up biofuels? A critical look at expectations performance and governance. Energy Policy, v. 118, p. 655-657, 2018.
Souza, Glaucia Mendes; Ballester, Maria Victoria R. ; De Brito Cruz, Carlos Henrique ; Chum, Helena ; Dale, Bruce ; Dale, Virginia H. ; Fernandes, Erick C.F. ; Foust, Tom ; Karp, Angela ; Lynd, Lee ; Maciel, Rubens ; Milanez, Artur ; Nigro, Francisco ; Osseweijer, Patricia ; Verdade, Luciano M. ; Victoria, Reynaldo L. ; Van Der Wielen, Luuk . The role of bioenergy in a climate-changing world. Environmental Development, v. 23, p. 57-64, 2017.
Kline, K. L., Msangi, S., Dale, V. H., Woods, J., Souza, G. M., Osseweijer, P., Clancy, J. S. Hilbert, J. A., Mugera, H. K., McDonnell, P. C., Johnson, F. X. (2016). Reconciling biofuels and food security: priorities for action. GCB-Bioenergy DOI: 10.1111/gcbb.12366.
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Souza, G. M. (2015). Sheding light on bioenergy. Biofuels, bioproducts and biorefining. 9, 338.
Souza, G. M., Ballester, M. V. R., Victoria, R. L., Diaz-Chavez, R. (2015). Editorial note on bioenergy and sustainability—Bridging the gaps. Environmental Development 15, 1-2. doi:10.1016/j.envdev.2015.06.001.